公元1260年，蒙古帝国大汗蒙哥在四川合州钓鱼城战役中意外身亡，这一突发事件彻底改变了世界历史的走向。当时，他的弟弟忽必烈正率领大军围攻南宋的鄂州，战事处于关键阶段。几乎同时，来自漠北的消息如同惊雷：留守帝国都城哈拉和林的幼弟阿里不哥，正在积极活动，意图夺取大汗之位。
忽必烈面临两难抉择：是继续南征，还是北返争位？幕僚郝经提出了“断然班师，销祸于未然”的紧急建议。恰在此时，南宋丞相贾似道主动遣使求和，双方迅速达成协议，以长江为界，宋廷承诺岁贡银绢。忽必烈得以抽身，轻骑简从，星夜兼程赶赴燕京。一场决定蒙古帝国命运乃至欧亚大陆格局的内部大战，就此拉开序幕。
忽必烈抵达燕京后，迅速瓦解了阿里不哥支持者脱里赤在当地征募的军队。他并未理会阿里不哥发出的、要求其前往漠北参加传统“忽里台”大会的召唤，而是果断行动。在亲信廉希宪等人的运作下，忽必烈争取到了部分东道宗王的支持，于开平自行召开会议，并在此登基，成为大汗。
然而，按照成吉思汗留下的古老“札撒”，大汗的选举必须在鄂嫩河源头举行，且需要各主要支系宗王广泛参与。因此，在哈拉和林，阿里不哥在术赤系、察合台系和窝阔台系大多数宗王的拥戴下，也宣布即位。蒙古帝国历史上首次出现了两位大汗并立的局面，制度的合法性与现实的军事实力发生了直接碰撞，统一的帝国出现了无法弥合的裂痕。
当汗位之争在东方爆发时，另一位关键人物——拖雷系的旭烈兀，正率领蒙古第三次西征大军高歌猛进。他的军队已经攻陷巴格达，灭亡了阿拔斯王朝，并进军叙利亚，兵锋直指大马士革。就在他准备向埃及马穆鲁克王朝进军时，蒙哥汗的死讯传来。
旭烈兀被迫中止西征，率主力东返至波斯。得知两位兄弟争位的消息后，他审时度势，选择支持与自己关系更密切的忽必烈，并留驻波斯，不再返回蒙古本土。这一决定至关重要，它意味着拖雷系的军事力量一分为二，也使得西亚的征服地逐渐演变为一个相对独立的伊儿汗国。与此同时，原本支持阿里不哥的术赤系（钦察汗国）、窝阔台系海都以及察合台汗国，在西部形成了另一个利益联盟。
汗位之争迅速从政治博弈升级为全面军事冲突。阿里不哥试图控制战略要地陕西与四川交界地区，他命令原属蒙哥麾下、退驻六盘山的大将哈喇不花与浑都海部会合，并派阿蓝答儿进军西凉府予以支援，企图从侧翼威胁忽必烈控制的华北地区。
忽必烈反应迅速，他任命廉希宪、商挺等人处理关中事务。廉希宪果断先发制人，处决了阿里不哥派往陕西的官员，稳定了后方。随后，忽必烈麾下的诸王合丹、合必赤，与将领八春、汪良臣等率领蒙汉联军，在耀碑谷（今地点有争议，一般认为在甘肃境内）与阿里不哥军展开决战。此役，阿里不哥的军队大败，主将阿蓝答儿、浑都海战死，忽必烈政权度过了最危险的初期阶段。
击败阿里不哥的东路攻势后，忽必烈乘胜亲征，进军蒙古帝国的旧都哈拉和林。阿里不哥战败，北逃至谦谦州（今唐努乌梁海地区）休整补给。然而，这场内战的核心战场很快向中亚转移。察合台汗国成为双方争夺的焦点。
阿里不哥抢先一步，任命察合台后裔阿鲁忽为察合台汗国的汗王，并命其扼守阿姆河防线，以阻断旭烈兀对忽必烈的潜在支援。而忽必烈也派出了自己属意的察合台系宗王前往争夺汗位，却在途中被阿里不哥势力杀害。尽管忽必烈后来在1264年迫使阿里不哥投降，赢得了汗位之争的最终胜利，但帝国分裂的态势已无法逆转。窝阔台系的海都崛起于中亚，联合察合台汗国，与元朝及伊儿汗国联盟进行了长达数十年的对抗，这场“蒙古内战”深刻重塑了整个欧亚大陆的政治地图。
这场内战不仅是黄金家族内部的权力斗争，更标志着蒙古帝国从统一的征服性帝国，向多个区域性汗国并立的常态转变。它消耗了蒙古最精锐的军事力量，间接影响了其对南宋、埃及等地的征服进程，其波澜壮阔的过程与深远的影响，堪称十三世纪世界史上最关键的转折点之一。
