崇祯十七年（1644年）二月，李自成率领大军东渡黄河，从山西向北京发起猛攻，一路势如破竹。面对突如其来的危机，崇祯帝于二月二十八日紧急下令“征天下兵勤王”，但各地应召而至的援军寥寥无几，仅有蓟镇总兵唐通带领八千兵马赶到北京支援。为扭转局势，崇祯帝先后在二月十三日、三月六日和三月十八日三次颁布罪己诏，表面上检讨自身过失，同时试图分化李自成起义军，鼓励“胁从之流”归顺朝廷。然而，这些努力均未产生实质效果，历史最终证明这只是徒劳之举。
在敌军压境之际，崇祯帝仍然依赖身边的亲信太监。二月中旬，他派遣十位太监监视各边镇和京畿要害：高起潜总监关、蓟、宁远；卢惟宁总监通、德、临、津；方正化总监真定、保定；杜勋总监宣府；王梦弼监视顺德、彰德；阎思印监视大名、广平；牛文炳监视卫辉、怀庆；杨茂林监视大同；李宗先监视蓟镇中协；张泽民监视西协。然而，这些太监多为庸碌之辈，后来纷纷投降李自成，令人唏嘘。此后，崇祯帝试图利用京城三大营固守北京，但三月十七日李自成兵临城下时，驻扎城外的三大营瞬间溃散，留下大量巨炮等火器，反倒壮大了大顺军的攻势。
三月十八日，李自成派投降的太监杜勋和申芝秀入内城与崇祯帝谈判。杜勋“盛称贼人马强壮，锋不可当”，劝说崇祯帝“自为计”；申芝秀则要求崇祯帝“避位”。崇祯帝断然拒绝，导致外城被破，大顺军随即进攻内城。眼看局势危急，崇祯帝在宫中命皇后周氏自尽，并迅速将16岁的太子朱慈烺、13岁的定王朱慈炯和12岁的永王朱慈炤送出宫躲藏。临别时，他为他们换上平民衣服，叮嘱道：“汝今日为太子，明日为平人。在乱离之中，匿形迹，藏名姓，见年老者呼之以翁，年少者呼之以伯叔。万一得全，来报父母仇，无忘我今日戒也。”
随后，崇祯帝用剑砍死六岁的昭仁公主，并砍伤十六岁的长平公主，口中悲愤喊道：“汝何故生我家！”在完成这一切后，他带着提督太监王承恩，手持三眼枪，与数十太监骑马出宫试图突围，却因城门重兵把守而失败。最终，他返回皇宫，在万岁山（今景山公园）自缢殉国，凄凉结束一生。崇祯帝之所以逼死皇后并砍伤女儿，是因为他担心女眷落入起义军之手后会遭受凌辱。而放走儿子，则源于对延续香火的执念——他期望三个儿子能活下去，有朝一日光复大明，替自己报仇。
事实上，李自成的态度并非一味残酷。崇祯帝听闻起义军对明朝宗室恨之入骨，例如崇祯十七年李自成攻破大同后杀死代王及其家人，崇祯十六年张献忠攻破武昌后将楚王及其家眷沉江。但李自成入主北京后，为拉拢人心，并未肆意屠杀。例如，太子朱慈烺被俘后，李自成封其为宋王，带往山海关招降吴三桂；然而山海关战败后，朱慈烺下落不明，再无音信。最讽刺的是，这一切根源在于崇祯帝的优柔寡断。当年有大臣建议南迁，他却因好面子而拒绝背弃都城的罪名，并反对太子先行，声称：“朕经营天下十几年尚不能济，哥儿们孩子家，做得甚事！”结果错失良机，导致他亲手制造了这场悲剧。长平公主虽未死去，但在清庭入关后被迫改嫁，不久郁郁而终。
