三藩之乱初期，吴三桂的军事力量看似势不可挡，迅速占据多省。然而，康熙皇帝展现了高超的政治智慧。在吴三桂举起反旗后，康熙迅速采取行动，并非一味武力镇压，而是首先进行政治上的分化。他果断处置了吴三桂在京城的亲人，以昭示决心，同时却对尚可喜、耿仲明二藩采取了截然不同的策略，暂停撤藩，并对其在京亲属予以宽待。这种区别对待，旨在孤立主要敌人吴三桂，避免三藩形成牢固同盟，为后续的军事行动创造了有利的政治条件。
在军事层面，康熙制定了清晰而周密的战略。他一方面分兵驻守荆州、安庆等战略要地，有效拦截吴军东进并切断吴三桂与耿精忠部的联系；另一方面，他以山东兖州、山西太原作为战略后方和兵力集结地，确保了后勤与援军的稳定。当吴三桂、耿精忠乃至陕西王辅臣相继反叛，局势一度危急时，康熙并未慌乱。他看准时机，集中力量解决侧翼威胁，例如对摇摆不定的王辅臣，在招抚失败后坚决进军平凉，迫使其投降，从而稳定了西北局势，剪除了吴三桂的重要羽翼。
随着战争进入相持阶段，吴三桂集团的内部问题开始凸显。长期的战争消耗导致其控制区府库空虚，为了维持庞大的军费开支，吴军不得不横征暴敛，致使民生凋敝，百姓怨声载道，逐渐失去了最初的民众基础。与此同时，康熙则展现出更为长远的耐力。为了维系日渐涣散的人心，吴三桂在康熙十七年于衡阳仓促称帝，建国号“周”。这一举动非但未能凝聚力量，反而暴露其称帝野心，使其“反清复明”的口号失去号召力，在道义上进一步陷入被动。
康熙十七年八月，在清军的多路压力下，吴三桂在忧惧中病逝，叛军士气遭受致命打击。清军乘胜追击，于次年接连收复长沙、衡阳等重镇。此后，战局急转直下，清军逐步扫清吴军残余势力。康熙二十年十月，清军包围昆明，吴三桂之孙吴世璠在城破后自杀，历时八年的三藩之乱被彻底平定。这场战争的结局表明，仅凭一时的军事实力难以持久，综合的政治谋略、经济基础、民心向背以及战略耐心，才是决定王朝内部较量胜负的关键因素。康熙通过这场胜利，极大地巩固了中央集权，为之后的“康乾盛世”奠定了坚实的基础。
