康熙十二年春，平南王尚可喜请求归老辽东，康熙皇帝顺势下旨准其撤藩。随后，靖南王耿精忠的撤藩请求也获批准。面对此形势，镇守云南的平西王吴三桂也假意上疏请求撤藩，实则希望朝廷能够挽留。然而，康熙帝早已洞悉其心，认为吴三桂与朝廷对立已久，“撤亦反，不撤亦反”，不如先发制人。于是力排众议，断然批准其撤藩，并派专员火速赴云南办理。同年十一月，吴三桂诛杀云南巡抚朱国治，自称“天下都招讨兵马大元帅”，以“兴明讨虏”为号，正式起兵反清，三藩之乱由此拉开序幕。
吴三桂在云南经营十四年，根基深厚。反叛之初，叛军锐不可当，迅速攻占贵州全境及湖南衡州等地。与此同时，耿精忠、尚之信（尚可喜之子）以及在四川、广西、陕西、河北等地的旧部与党羽纷纷响应，举旗叛乱。短短数月间，云南、贵州、四川、广西、湖南、福建六省尽入叛军之手，全国震动，清廷统治面临空前危机，形势对吴三桂极为有利。
然而，就在军事上节节胜利之际，吴三桂却犯下了一个影响全局的战略错误。大军推进至长江沿岸后，他没有选择乘胜渡江北进，直捣中原腹地，反而在长江南岸勒马停驻，陷入观望。这一停滞，使他再也未能跨过长江天堑，战场主动权逐渐易手。关于他为何在此关键时刻犹豫不决，后世史家提出了多种解读。
一种观点认为，吴三桂深知自身政治声望的致命缺陷。他前半生引清兵入关，后半生又绞杀南明永历帝，其行为在广大汉人土绅与百姓心中，早已是反复无常的“武臣”代表。尽管起兵时打着“兴明”旗号，但其信誉已然破产。他可能担忧，一旦渡过长江，在北方难以获得有效的民心支持与士绅响应，军事行动将后继乏力，甚至陷入孤立。这种政治上的不自信，束缚了他的军事冒险。
另一种广为流传的看法，则聚焦于其家族亲情。吴三桂的长子吴应熊及其家眷当时作为人质居于北京。吴三桂在起兵前曾秘密派人接应，但吴应熊为麻痹清廷、掩护父亲起事，仅将长孙吴世璠送回云南，自己与幼子选择留下。吴三桂兵临长江后，放还清廷使臣，提出“划江而治”的议和条件，部分动机可能就是希望以军事优势换取清廷妥协，保全在京儿孙的性命。
然而，年轻的康熙皇帝展现了超乎寻常的强硬。他接到吴三桂的议和信息后，不为所动，反而下令处死吴应熊及其幼子吴世琳，以此昭示朝廷平叛的坚定决心，彻底断绝了吴三桂的幻想。据说吴三桂闻讯后，震惊悲愤，意识到与清廷已无转圜余地。但此时，最佳的北伐战机已然贻误。清廷得以喘息，并开始全面调兵遣将，组织反攻，战争由此转入漫长的相持与拉锯阶段。
康熙十七年，在战局日益不利的形势下，吴三桂在衡州称帝，建国号“周”，改元昭武，试图在政治上凝聚人心。但此举并未能扭转颓势。同年八月，因天气酷热、心力交瘁，吴三桂身患重病，不久便在衡州皇宫中去世，仅做了五个多月的皇帝。他死后，其孙吴世璠继位，但已难挽狂澜。三年后，清军攻破昆明，吴世璠自杀，历时八年的三藩之乱最终被平定。
纵观全局，吴三桂在长江边的停顿，无疑是三藩之乱最重要的转折点。这其中的犹豫，既有战略判断的失误，也交织着对其个人政治前途的忧虑、对家族血脉的顾念等复杂因素。这一停顿，给了年轻的康熙皇帝及其朝廷宝贵的缓冲时间，从而得以动员整个帝国的力量进行反扑，最终奠定了清朝平定内乱、巩固统治的基石。历史的走向，往往就取决于关键节点上的抉择与迟疑。
