曼齐刻尔特战役当天的交锋，深刻暴露了拜占庭皇帝罗曼努斯四世在军事指挥上的致命缺陷。他完全违背了由“智者”利奥在经典军事著作《战术学》中确立的、针对突厥骑兵的核心作战原则。尽管罗曼努斯竭力遵循“尽快与敌正面交战”的第一要义，但机动性极强的塞尔柱轻骑兵并未给他这个机会。未等拜占庭主力逼近，敌军便已凭借快骑迅速后撤至数英里之外。与此同时，他们运用娴熟的骚扰战术，如同群蜂般持续猛击拜占庭军队脆弱的两翼。由于此前部分步兵已被分遣，罗曼努斯军团的两翼缺乏足够的步兵方阵保护，变得异常脆弱。被箭雨不断激怒的拜占庭骑兵，在愤怒中脱离阵型追击，最终大部分陷入了敌军精心布置的伏击圈，导致有生力量被逐步消耗。
拜占庭军队在追击中越过了苏丹遗弃的营地，逐步进入崎岖山地，而这正是塞尔柱人预设的屠宰场。直到天色将晚，罗曼努斯才惊觉自己的大营防守空虚，极易被袭。迫不得已之下，他下令全军撤退。然而，一次组织有序的进攻与一次安全的撤退是两回事，后者对军队的纪律和指挥系统的要求极高。由于与侧翼部队沟通协调失灵，拜占庭军的撤退阵型很快出现了致命的裂痕。突厥轻骑兵敏锐地抓住了这个千载难逢的战机，如潮水般冲入混乱的拜占庭军中，使其彻底陷入混乱。尽管罗曼努斯试图命令部队转身迎敌以稳住阵脚，但后卫部队指挥官安德罗尼卡·杜卡斯的公然抗命，率部径直撤回营地，导致殿后部队完全暴露，遭到突厥骑兵的无情屠戮。这一叛变行为，成为了压垮拜占庭军的最后一根稻草。
夜幕降临，失去希望与凝聚力的拜占庭两翼部队彻底崩溃，中军陷入孤立无援的绝境。罗曼努斯四世本人英勇战斗至最后一刻，直至战马倒下，受伤被俘。这是突厥历史上首次生擒一位拜占庭皇帝，其象征意义与政治冲击无比巨大。屠杀持续至深夜，皇帝行营被洗劫一空。次日，曾经雄踞东方的拜占庭大军已不复存在，溃散殆尽。被带到苏丹阿尔普·阿尔斯兰面前的罗曼努斯，意外受到了“宽宏大度”的对待。对苏丹而言，保留一位威信扫地的皇帝对其更为有利。双方随后签订了苛刻的和约：拜占庭需支付巨额赎金，承诺互不侵犯，并归还此前占领的若干战略要地。此后，罗曼努斯在一支突厥小部队的“护送”下被释放，踏上了归途，而这归途的终点并非皇座，而是更大的悲剧。
曼齐刻尔特的惨败与屈辱和约，使得罗曼努斯四世的皇位合法性荡然无存。趁其未归之际，国内的杜卡斯家族发动政变，将皇后贬入修道院，并拥立懦弱的迈克尔七世为唯一合法皇帝。罗曼努斯并未放弃，他设法集结了一支军队，于1071年秋向君士坦丁堡进军以夺回权力，却在多西亚被君士坦丁·杜卡斯击败。他逃往西利西亚，再次集结力量，却又被叛将安德罗尼卡·杜卡斯（即曼齐刻尔特战役中的抗命者）击败并俘虏。这位末路皇帝最终遭受了拜占庭宫廷斗争中常见的酷刑——被挖去双眼，在痛苦与黑暗中悲惨离世。他的个人命运，正是帝国衰亡的缩影。
曼齐刻尔特战役的后果远不止于一场军事失败。塞尔柱突厥人自此逐渐主宰了安纳托利亚高原的核心区域。广阔的草原上，突厥人的帐篷和羊群取代了拜占庭的农庄与村落。尽管一些城镇仍存续了一段时间，但那些曾经为帝国提供最优质兵源的亚洲省份已永久丧失。拜占庭军队再也无法自由穿越安纳托利亚腹地，其战略纵深与人力资源遭到毁灭性打击。虽然后来的阿历克塞斯一世皇帝曾短暂收复部分失地，但曼齐刻尔特之战实质上宣告了基督教势力在小亚细亚主体统治的终结。这场战役不仅为后续十字军东征埋下了复杂伏笔，也加速了拜占庭帝国不可逆转的没落进程。短短数小时的会战，其地缘政治余波却持续了数个世纪，彻底改变了欧亚交界地带的力量格局。
深入分析这场惨败，其直接原因可归结于多个致命因素的叠加：罗曼努斯继位时拜占庭军队早已不复查士丁尼时代的荣光，军制松弛、战斗力下滑；11世纪关键缓冲区域亚美尼亚的提前丧失，使得帝国门户洞开；战役中对塞尔柱军队机动战术的情报匮乏与误判；以及最终在战场上决定胜负的军事贵族集团的背叛。这些因素共同作用，将拜占庭帝国推向了命运的深渊。
