1460年7月，北安普顿的战场上再次响起了金戈铁马之声。沃里克伯爵率领的约克军队，在这场关键战役中击败了兰开斯特家族的军队，连随军的国王亨利六世也再度被俘。连续的胜利让约克公爵理查滋生了更大的野心，他未经与核心支持者充分商议，便直接向亨利六世提出了王位要求。最终，亨利六世被迫宣布他为摄政王和王位继承人，这一决定等于剥夺了亨利六世年幼儿子的继承权。消息传到王后玛格利特耳中，这位性格刚烈的王后勃然大怒。她迅速从苏格兰借来兵马，并集结兰开斯特家族的剩余力量，在约克公爵的领地内发动了一系列袭扰，战火再度蔓延。
面对领地的骚乱，约克公爵仓促间召集了一支仅数百人的队伍前往征讨。然而，轻敌冒进使他陷入了玛格利特王后精心布置的包围圈，被困于威克菲尔德城。1460年12月30日，在内外部夹击之下，约克军队溃散，公爵本人及其次子爱德蒙战死沙场。更为屈辱的是，约克公爵的首级被悬挂在约克城头示众，并被戴上了一顶纸糊的王冠，极尽嘲讽。但兰开斯特家族的胜利并未持续太久。约克公爵19岁的长子爱德华于次年2月进入伦敦，在沃里克伯爵和伦敦市民势力的支持下，于1461年3月4日自立为王，史称爱德华四世。新王深知玛格利特王后绝不会善罢甘休，于是积极在各大城市募兵，挥师北上，决心与兰开斯特势力决一死战。
1461年3月29日，决定王朝命运的决战在约克城附近的陶顿打响。兰开斯特军队人数超过两万，远胜约克军。然而，天时站在了约克家族一边。交战当日，兰开斯特军处于逆风位置，扑面而来的暴风雪严重影响了弓箭手的视线与射程。相反，约克军借助风势，弓箭威力大增，并顺势向山坡上的敌军发起冲锋。为扭转被动局面，兰开斯特军队发动反攻，双方陷入残酷的拉锯战，直至傍晚仍胜负难分。关键时刻，约克军的后续援部队赶到，这支生力军猛攻兰开斯特军未设防的侧翼，终于导致其战线崩溃，溃败而逃。玛格利特王后携亨利六世及少数随从仓皇北逃苏格兰。此役的胜利，暂时稳固了爱德华四世的王位。
1465年，亨利六世再次被俘，囚禁于伦敦塔，玛格利特王后只得携幼子流亡法国。玫瑰战争初期的几次大型战役，充分体现了中世纪晚期骑士作战的特点——以分散的、个人化的搏斗为主。惨烈的厮杀导致双方超过五万五千人伤亡，英格兰半数以上的贵族和几乎所有的封建大诸侯都陨落于此。然而，外部敌人尚未完全消灭，约克派内部的矛盾却开始激化，集中体现为爱德华四世与其昔日盟友、权势滔天的“立王者”沃里克伯爵之间的决裂。爱德华四世趁沃里克不在伦敦之际，北上镇压叛乱并迅速扩军。沃里克不敌，被迫逃亡法国，投靠法王路易十一。
在法国支持下，沃里克伯爵卷土重来，一度将爱德华四世逼得逃亡尼德兰，依附于其妹夫勃艮第公爵。但爱德华四世并未放弃。1471年3月12日，他利用国内对沃里克统治的不满情绪，率军与沃里克在伦敦以北的巴恩特决战。尽管兵力处于劣势，爱德华四世选择在浓雾弥漫的清晨主动发起突袭，最终击溃敌军，沃里克伯爵本人阵亡。紧接着在5月4日，爱德华四世又擒获了从南部登陆的玛格利特王后及其支持者，处死了王后之子及众多兰开斯特贵族，并随后秘密处决了囚禁中的亨利六世。至此，兰开斯特家族直系血脉几乎被诛戮殆尽。
1471年至1483年间，英国获得了短暂的和平。爱德华四世以强硬手段巩固王权。他死后，其弟理查三世继位，统治同样残酷，这反而促使残存的兰开斯特势力与不满的约克势力联合起来，共同支持流亡法国的兰开斯特家族远亲——亨利·都铎。1485年8月，决定性的博斯沃思原野战役打响。在战斗的关键时刻，理查三世军中的斯坦利爵士临阵倒戈，约克军瞬间瓦解，理查三世战死沙场。至此，持续三十余年的玫瑰战争终于画上句号。亨利·都铎加冕为亨利七世。为弥合国家裂痕，他迎娶了约克家族继承人、爱德华四世之女伊丽莎白，将红玫瑰与白玫瑰的纹章合二为一，开创了都铎王朝的新时代。
玫瑰战争远不止是一场王室家族间的血腥内斗。它在客观上导致了英格兰封建旧贵族阶层近乎毁灭性的削弱。正如恩格斯所指出的，英国通过这场战争“消灭了上层贵族而统一起来了”。旧势力的崩塌为中央集权的君主专制政体的确立扫清了障碍，新兴的贵族和资产阶级力量在政治舞台上迅速崛起，成为都铎王朝坚实的统治基础。与此同时，政治的统一有力地促进了全国范围内的经济联系。封建农业经济模式开始向资本主义农业转变，农村中涌现出大量资本主义农场。新贵族和资产阶级将资本投入工商业，为后续英国手工业的蓬勃发展和通向近代社会的转型埋下了深刻的伏笔。这场以花朵为名的战争，最终浇灌出的，是一个崭新国家的萌芽。
