崇祯十六年正月，李自成将襄阳更名为襄京，自封“奉天倡义文武大元帅”，并着手委派官员治理地方。这一举措标志着其领导的农民军性质发生了根本转变——从流动劫掠的武装力量，向具备政权雏形的政治实体过渡。此时，除张献忠部外，大江南北的各路起义军至少在名义上已奉李自成为共主。随着实力的膨胀，李自成不再满足于割据一方，其目光已投向整个天下，决心整合所有力量与明朝进行最终决战。
然而，名义上的服从远未达到李自成的预期。他需要的是绝对的掌控力，决不允许麾下存在第二个权力中心。农民军成分本就复杂，诸多首领并不甘心俯首称臣，其中以号称“代天抚民德威大将军”的罗汝才最为突出。为此，李自成采取了最为直接且血腥的手段。据史料记载，崇祯十六年三月至五月间，他先后设计袭杀革里眼（贺一龙）、左金王，并吞并其部众；随后诛杀罗汝才，收编其军；继而攻灭袁时中，彻底消化其力量。通过这一系列雷霆行动，李自成迅速清除了内部的主要异己势力。
在众多起义军首领中，“老回回”马守应是一个极为特殊的例外。他资历极老，早在李自成尚为“闯将”时便已独掌一军，甚至可能是张献忠投身起义的引路人。其部众实力雄厚，在当时仅次于李、张两部。更微妙的是，马守应对李自成曾有救命之恩——崇祯十一年李自成兵败后孤身来投，马守应不仅收留，更在其卧病半年后赠予兵马，助其东山再起。
当李自成在襄阳开始兼并诸部时，远在澧州的马守应敏锐地嗅到了危机。他坚决拒绝李自成调其返回襄阳的命令，始终与之保持距离。面对这位有恩于己、实力强劲且警惕性极高的老将，李自成不敢亦不能轻举妄动。为避免其在关键时刻倒向张献忠、扰乱后方，李自成不得不采取怀柔策略，特赐其“永辅营英武将军”封号及黄金铸就的重印，变相承认了其半独立地位。而马守应则选择将部队向张献忠势力范围靠拢，与之联合作战，以此制衡李自成，保全自身。
李自成的铁腕整合虽在短期内凝聚了力量，助其攻入北京，却也埋下了深远的隐患。这种以诛杀为主要手段的兼并，造成了内部难以弥合的裂痕与猜忌。崇祯十七年，马守应病逝，其部众大多归附张献忠入川，余部则在湖广坚持抗清。当李自成在山海关战败后一路溃退至湖广时，无论是四川的张献忠，还是湖广的马部旧军，皆未对其施以援手。昔日为快速集权而采取的强硬手段，最终在败亡之际显现出其残酷的后效——联盟的基础早已在猜忌与清洗中瓦解，曾经的“共主”在危难时竟孤立无援。
纵观李自成的整军历程，其手段核心在于“威逼”与“利诱”相结合，对顺从者纳入体系，对抗拒者无情铲除，对特殊势力则暂时妥协笼络。这套策略在军事扩张期效果显著，却未能构建起真正稳固的政治同盟与忠诚体系，这或许也是大顺政权骤兴骤亡的一个重要注脚。
